南通市农工党组织建立与发展始于1956年5月，成员主要来自医药卫生界中上层知识分子。吴克潜是南通市第一个农工党员，他于1956年2月在上海加入农工党组织，同年5月从上海调至南通市苏北医学院附属医院中医科工作。同年7月农工党员张秀彬也从上海调至苏北医学院工作。经过张秀彬、吴克潜的努力，1956年11月，南通市发展了第一批农工党员朱良春、徐立荪、顾念祖、陈心园4人。1956年12月至1957年2月，先后发展医药卫生界中上层人士31人。1957年2月21日，中国农工民主党南通市筹备委员会成立，时有党员37名，张秀彬任主任委员，吴克潜、朱良春任副主任委员。筹委会下设组织处、宣传处、秘书处，并配备专职干部1名。1957年10月，由于苏北医学院迁往苏州，张秀彬、吴克潜等6人组织关系转至苏州，朱良春担任筹委会主要领导工作。1959年3月21日，中国农工民主党南通市委员会成立。 农工党南通市委会先后召开十一次党员代表大会，历任主委分别是朱良春、高志兰、陈宋义，现任主委为崔志明。

     中国农工民主党南通市第十一届委员会领导机构由委员会和常委会组成，下设等参政议政、医卫、人口资源和环保、教科文等10个专门工作委员会。

     中国农工民主党南通市委员会机关是农工党南通市委员会的工作机构，下设办公室、组织处、宣传处3个职能处室。

     现有4个总支，33个基层支部。截止2022年12月，党员总数834名。